El IES San José es un referente en Andalucía en la familia profesional de la automoción, tratándose además de los primeros centros en España, junto con otro en Cádiz, en ofertar el nuevo ciclo de grado medio de Montaje de estructura e instalación de sistemas aeronáuticos, donde los alumnos y alumnas aprenden en clase teóricas en el aula y prácticas en un taller especializado ubicado en las instalaciones del edificio Juan Pérez Mercader.

Además, en la citada familia de la automoción, su alumnado son grandes rivales en las Olimpiadas de Formación Profesional, que comienzan en la Andalucía Skills, en la que han sido ganadores en varias ocasiones, siguen en la Spain Skills y terminan en la World Skills, a la que fueron hace tres años a competir a São Paulo.

Pero no solo destacan los alumnos de FP, también los de Bachillerato se han hecho con un reconocimiento extraordinario a nivel provincial y los de 3ºESO del año pasado consiguieron el primero al mejor periódico de Andalucía otorgado por el periódico El País. Además, la gran implicación de su tejido educativo le ha hecho merecedor del reconocimiento por su labor en el Plan Director para la convivencia y mejora de la seguridad escolar.